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三、內設機構
根據上述職責，國家海洋局設11個內設機構：
（一）辦公室。
負責文電、會務、機要、保密、檔案、信息化、督查、安全保衛等機關日常運轉工作，承擔政務信息和新聞發布工作，起草重要文稿。
（二）戰略規劃與經濟司。
組織起草並監督實施海洋發展戰略以及海洋事業發展、海洋主體功能區等規劃，推動完善海洋事務統籌規劃和綜合協調機制，掌握分析海洋經濟發展形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議。承擔國家海洋委員會辦公室日常工作。
（三）政策法制與島嶼權益司。
組織起草法律法規、規章草案。組織開展海島自然資源調查評估，組織建立海島統計調查制度和管理信息系統，發布海島統計調查公報，嚴格依照法律法規規定的條件和程序辦理無居民海島使用行政許可並承擔相應責任。承擔規范性文件的合法性審核工作，承擔行政執法監督、行政復議和行政應訴工作。
（四）海警司（海警司令部、中國海警指揮中心）。
組織起草海洋維權執法的制度和措施，擬訂執法規范和流程，承擔統一指揮調度海警隊伍開展海上維權執法活動具體工作，組織編制並實施海警業務建設規劃、計劃，組織開展海警隊伍業務訓練等工作。
（五）生態環境保護司。
掌握分析海洋生態環境保護情況、存在的問題並提出完善制度機制和改進工作的建議，嚴格依照法律法規規定的條件和程序辦理海洋環境保護行政許可並承擔相應責任。依法監督陸源污染物排海，組織起草海洋自然保護區和特別保護區管理制度和技術規范並監督實施，完善海洋生態補償制度，組織開展海洋生物多樣性保護工作，組織實施重大海洋生態修復工程。
（六）海域綜合管理司。
掌握分析海域使用情況、存在的問題並提出完善制度機制和改進工作的建議，嚴格依照法律法規規定的條件和程序辦理海域使用行政許可並承擔相應責任。組織起草海域使用政策與技術規范，承擔海域動態監控工作，組織開展海岸線和沿海省際間海域界線勘定工作。
（七）預報減災司。
組織起草海洋觀測、預報和評價的管理辦法並監督實施，建設海洋環境安全保障體系。推動建立海洋防災減災制度機制，組織編制海洋災害應急預案，指導協調地方海洋防災減災工作，參與重大海洋災害應急處置。
（八）科學技術司。
組織起草海洋科技發展規劃、技術標准、計量、規范並監督實施，組織開展海洋基礎調查、綜合調查、專項調查以及海洋科學技術研究與應用，推動海水利用和海洋可再生能源開發利用工作，承擔數字海洋建設和海洋領域衛星應用相關工作。
（九）國際合作司（港澳台辦公室）。
組織開展海洋領域的國際交流與合作，以及與港澳台地區的交流與合作。嚴格依照法律法規規定的條件和程序辦理海洋涉外科學研究行政許可並承擔相應責任。參與涉外海洋事務談判與磋商，組織履行相關國際海洋公約、條約和協定。
（十）人事司（海警政治部）。
承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓工作，擬訂海洋人才隊伍建設規劃和政策。組織起草海警隊伍黨的組織建設、干部隊伍建設的政策規定，指導開展思想政治工作，承擔海警隊伍干部考核、任免等工作。
（十一）財務裝備司（海警后勤裝備部）。
承擔機關和直屬單位預決算、財務、國有資產管理。起草並組織實施海警隊伍基建、裝備和后勤建設的規劃、計劃，擬訂經費、物資、裝備標准及管理制度，組織實施裝備物資採購。
機關黨委。負責機關和直屬單位的黨群工作。
離退休干部局。負責機關離退休干部工作，指導直屬單位離退休干部工作。
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