如果大部門不能順利渡過磨合期，不能及時協調矛盾沖突，大部門就有重新分開或曰解體的可能
隨著大部制改革的深化，過去的小部委變成了“超級大部門”的內設機構，使得“超級大部門”的內部組織結構及它們之間的關系更加復雜，對內設機構的運行以及政府職能的實現帶來了巨大的挑戰。
超級大部以后，並非已是萬事大吉
大部制改革實際上是通過部門合並，使部門間利益和權能沖突與協調變為部門內部利益和權能沖突與協調，也就是化部際協調為部內協調的一種方法。隨著部門間利益和權能沖突的減少和部門內部利益和權能沖突的增多，大部制改革使得部內協調的難度加大。
超級大部的成立在某種程度上是為了把大量的協調工作轉到部門內部進行，以減輕部門之間管理和調配人、財、物的利益和權能的負擔，使有限的人、財、物發揮更大的功能和作用，從而提高行政效能。但是，實際上，由於超級大部的內設機構的利益和權能調整常常無法到位，內部管理幅度（部委領導機構與各司局之間、各個司局與處室之間直接管理的機構數量）卻在增加，這些內設機構之間的協調常常變得負擔更重，真正的部門一體化和職能整合往往無法實現。
因為，一項決策落實到超級大部以后，並非已是萬事大吉，還需由超級大部的內設機構也就是部委內各司局甚至處室去具體執行。隻有把一項決策落實到了各部委的司局及其處室，部內行政才算基本到位（部外行政是將部委決策落實到社會組織和公民個人）。在這種情況下，主要承擔協調任務的辦公廳等會超負荷運轉，主要表現為公文積壓、機構臃腫和效率低下等。
與此同時，超級大部作為一種多個機構合並后產生的新的組織形式，部內各內設機構需要一個磨合期，才能較好地建立起彼此之間的協作關系。在這個磨合期裡，一個部門內設機構也就是司局之間或者處室之間的矛盾沖突，可能絲毫不亞於原先不同部門之間的矛盾沖突。如果大部門不能順利渡過磨合期，不能及時協調矛盾沖突，大部門就有重新分開或曰解體的可能。
英國在上世紀七十年代進行了大部制改革，成立了一些“特大部門”，但是由於內部協調的困難，這些“特大部門”實際上有很多都沒有形成真正的內聚力。例如，上世紀七十年代中期成立的環境事務部就是由許多部委湊在一起組成的一個龐然大物，但不是一個有機結合的統一體，運行幾年后因內部利益和權能沖突無法得到很好的協調和解決，很快又分開回到了上世紀六十年代的樣子。
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