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構建超級大部內設機構之間的協調機制
隨著超級大部內設機構的增多，協調任務也會不斷增加，各內設機構之間需要一段時間磨合，才能建立良好的合作關系。因而，政府不僅要保証內設機構在一定程度上的獨立性，而且，要構建超級大部內設機構之間的協調機制，進一步減少運轉成本，提高職能行使效率，使政府職能向更適應市場經濟的方向對接。但是，我國中央政府各職能部門內部尤其是超級大部內部現行的協調機制還不夠完善，明晰的協調方式、明確的協調層級尚未確立。
對於我國中央政府而言，除了加強超級大部中辦公廳的宏觀協調職責，還需要加強大部委中財務司和人事司協調其它各內設機構利益和權能的職責。目前，這些司局在內設機構利益和權能的協調職責中所起的作用還很有限。
促進超級大部內部決策權、監督權和執行權的適度分離
就目前的中國政府而言，部內黨組和部務會議本應主要是決策機構，思考和決定部委內部和外部的重大問題，同時也有部分監督、協調職能。可是，如果部內黨組和部務會議把主要精力放在監督、協調職能上，甚至經常直接干預司局的執行事務，則不利於發揮它主要是決策機構的功能。所以，應該把協調、監督和執行的職能交給辦公廳和各相關司局等機構去承擔。
目前的部長、副部長、部長助理“分管制度”實際上使部內黨組和部務會議成員既要管決策，又要管執行、協調和監督，在實際工作中很多部委領導把大部分精力用於執行、協調和監督職能。這樣，一方面，部委領導整天忙於事務性工作，沒有太多的精力去思考戰略、規劃和政策方面的重大問題，另一方面使下屬部門和機構又陷於有事無權的尷尬境地，嚴重影響部委的整體工作效能。
通過促進大部門內部決策權、執行權和監督權的分離，不僅可將超級大部的領導和領導機構從繁重的執行、協調和監督任務中解脫出來，而且，也將使超級大部從因繁重的執行任務而產生的各種利益沖突中超脫出來，從而加強了其決策權和監督權的實施力度。這樣，既可以使大部門本身得以權能“瘦身”，又可以加強中央政府、中央政府其他職能部門對超級大部權力的約束與監督，也可以促進超級大部各內設機構之間利益和權能協調的實現。
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