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超級大部“家務事”多，部長監督和控制的難度加大
大部制改革會增加部門行政首長的管理幅度。由於管理幅度的擴大，分管領導也就是副部長和部長助理協調內設機構之間利益和權能沖突的難度也將越來越大，司局之間矛盾沖突的解決最終還是要依靠部長，這勢必會增加部長的工作負荷，使其因忙於協調部內各司局之間關系，而忽視了與其它部門之間的交流與溝通，甚至會影響中央政府部門之間的協調，也就是部際協調，從而導致以加強機構整合力度和實現中央政府一體化為目標的大部制改革宣告失敗。
例如，英國1976年把交通工作從特大的環境事務部分出來，在一定程度上就是由於認為交通政策沒有受到大臣的有效控制造成的。中國2008年的第一輪大部制改革以后，一些部委下設司局達數十個，部長監督和控制起來十分困難。
少了“上級壓力”，部內協調的成本增加
大部制改革是將政府相同及相近的職能進行整合，歸入一個部門管理，或將一些職能相近或相關的部門整合為一個較大的部門。一方面，超級大部內設機構過多將加劇條塊分割和職能交叉重疊的現象。而另一方面被整合進超級大部的原有各部門，其本身就是在相關職能領域具有較大權能的部門，分部而治時的矛盾沖突不會因為合並進同一個部門而消失，部門內部司局之間或處室之間的利益和權能沖突甚至絲毫不亞於部際之間的沖突。所以，將部際沖突內部化，從另一種意義上只是將外部的協調成本轉嫁到內部，並不意味著內部協調的成本一定比外部協調的成本低。
從2008年以后中央和地方大部門的運行來看，不少大部門的內部人、財、物和信息的協調甚至比合並前更加困難、成本更高。這不僅僅是因為辦公地點的分離、人員的不熟悉、業務的不了解、合並中利益和權能重新分配中的不公平使部門間、人員間有怨氣等造成的，更因為原先的部際協調還有國務院及其分管領導來協調，各部委對本部門的利益和權能不好過多的堅持的“上級壓力”，而現在的大部門內部協調就少了這個“上級壓力”。這對於新一輪大部制改革后的超級大部來講是一個必須十分重視的棘手問題。
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