我國事業單位改革是將現有事業單位進行清理規范，在此基礎上，按照社會功能將現有事業單位劃分為承擔行政職能、從事生產經營活動和從事公益服務三個類別。對承擔行政職能的，逐步將其行政職能劃歸行政機構或轉為行政機構﹔對從事生產經營活動的，逐步將其轉為企業﹔對從事公益服務的，繼續將其保留在事業單位序列、強化其公益屬性。同時，中央編辦允許在事業單位改革過程中，積極探索承擔行政職能事業單位改革的具體形式。
事業單位改革的目的就是縮小政府規模，簡政放權，增強效率和彈性，降低社會管理成本，整合甚至跨業整合市場資源，確保權力行使高度專業，使之更有創新精神和活力。改革的目的和方向決定了獨立機構能夠成為事業單位改革的有益補充。特別是實踐中，一些行政類和經營類、公益類事業單位很難截然劃分開，無法准確分類定位，成為扯皮拖延改革的重要原因。此外，完全劃歸行政機關還大幅度增加了行政機關的職數和財政壓力。加強社會自治，將部分准行政權社會化是現代化國家發展的必經階段。這給國家和社會帶來的好處是顯而易見的。人類歷史証明，全能政府弊遠遠大於利。我們必須清醒地認識到，當前的問題已經顯示：政府承擔的職能已經超出了其實際的治理能力范圍。事業單位權力進一步集中后不但不會提高行政效率，還可能會被進一步地官僚化，影響執行的效率。
如果我們增加事業單位改革的一條路徑，構建獨立機構，以自我管制為基礎，以必要性為國家介入的條件，劃出一部分無法截然分開或者獨立出來更有利於社會發展的事業單位進行獨立機構的改造，使其更具靈活性和多樣性，將會有助於權力向社會化方向發展，實現事業單位改革的目的和減少改革阻力。獨立機構的好處是雙向關注：既關注國家的利益，也關注社會的利益﹔既重視生產力，更重視社會的主體——人。同時，其法人治理模式提升了效率，更靈活的融資方式減少了財政壓力，社會化運行增強了服務的公開性，也使其更具親民性和可信性。更為重要的是，政府由直接控制轉變為間接管理，將會產生一個國家機關與公民社會的緩沖地帶。獨立機構並非不可控，除了法人化的治理機構自身的嚴格程序監督外，作為上級主管機關和社會都可以監督。具體設計為：
改革為獨立機構的對象
現代國家的原則是能用社會的決不用國家和政府，能夠通過市場的絕不用命令控制。根據這個原則，可以進行獨立機構改造的對象包括：具有專業需求或者獨立出來能夠有助於降低成本提高收益及經營效能，同時不適合政府推動，也不宜交由民間辦理的機構﹔國家的公共任務不具備強制性，適合積極採取企業化管理經營，而無需國家親自執行的機構﹔很難明確劃歸為“行政類”、“公益類”或者“經營類”的機構，特別是那些本應民營化，但因無法自給自足或其他因素，處於過渡階段的可以暫時劃歸獨立機構。這樣既避免了改革分類不清時可能造成的時間延誤，也有利於擺脫行政機關自身存在的臃腫及低效率。當然，獨立化機構改革如果發展勢頭良好，還可以帶動整個國家機關的調整，比如一些自身有去政治化的強烈需求，因此不宜由國家親自執行的機構，如統計調查機構以及獨立出來可以使國家在政治上有更大的回旋空間的機構，如台灣事務辦公室等，都會有重要的示范效應。
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