水利是农业的命脉。党中央和国务院历来重视农田水利建设，到2005年，全国农田灌溉面积达8.5亿亩，占耕地面积的44%。每年在这些面积上生产了75%的粮食、90%以上的经济作物和95%以上的蔬菜。由此可见农田水利在农业生产中的重要作用。
近几年来，国家对大江大河的治理、大型灌区的建设和病险水库整治等方面的投入，包括灌区的供水骨干渠道(干渠、支渠)的投入，都有较大程度的增加和改善。但是在农田送水的末级渠系(斗渠、农渠和毛渠)建设和管理方面还存在较多的问题。主要问题是：
一、末级渠道在灌区建设时配套注意不够，加之年久失修，损坏严重，灌溉能力大幅度下降。据统计资料反映，现有的8.5亿亩灌溉面积实际只能灌溉7亿亩左右。而现有灌区中，由于灌溉保证率低，约1／3为中低产田。“十五”期间，由于设施损坏导致有效灌溉面积每年约减少311万亩。广东省目前渠道及建筑物完好率只有30-70%；四川末级渠系配套率只有77%，而且85%以上为土渠，淤塞、渗漏等现象十分严重。
二、水资源利用率低，浪费严重。
由于渠系不配套，年久失修，输水过程中损失严重，渠系水资源利用率很低。我国农业灌溉的水资源利用率仅为45%，约1／3的灌区不足35%。我国在精耕细作的条件下，单方水的粮食生产能力仅1公斤左右，只有发达国家的一半。这给我国本来就水资源不足的状况带来更大压力。
三、用水纠纷多，影响了农村社会和谐稳定。
由于渠道的问题，上游一般尚能保证及时灌溉，而下游常常在时间和用量上得不到保证。相当一些地区用水户受益不均，用水矛盾尖锐，打架斗殴时有发生，严重影响了农村社会的稳定。
四、农业灌溉成本高，农民负担重。
由于前述原因，灌溉过程中浪费严重，末级灌溉不畅，有时需额外增加机械动力，增加了成本。据水利部调查，2005年农业水费平均支出为42元／亩，占亩均纯收入的1／10以上。个别地方每亩水费高达100元，有的地方农户集体退出灌区。
五、水费收缴困难。
相当多的地方反映，农民受免收农业税和各种补贴增加的影响，认为水费也应该免除而不交水费，致使很多靠收水费保障的水管事业单位营运困难。
这些问题产生的原因主要是：
一、末级渠系建设的投入严重不足。
我国长期以来灌区的末级渠系建设由农民自行负担，作为灌区建设的配套资金从未得到过保证。根据《全国大型灌区续建配套与节水改造规划》，全国大型灌区骨干工程节水改造需资金1200亿元，但9年来中央财政仅投入100亿元，满足率不到1／10。
税费改革后，农村一事一议开展困难，由农民投工投劳改造维护末级渠系的情况也急剧减少。如1998年全国农民对农田水利投工103亿个工作日，2005年锐减到27亿个工作日。广东省2005年完成劳动积累工4832万工日，只是税费改革前2002年的36%。四川省1996年-2000年平均年投工14亿个工日，筹资23亿元；2003年投工10.1亿个，减少28%；2004年投工6.57亿个，比2003年减少35%；2005年仅为2081万个，比2004年减少96.8%，比税费改革前减少98.5%。
二、末级渠系工程产权制度改革滞后，管理主体缺位。
农村实行土地承包制之后，末级渠系名义上仍为集体所有，但“集体”观念逐渐淡薄，农民认为渠系未明确归我所有，就不该由我承担管护责任；而政府认为渠系是农民集体所有，就不应由政府投资改造。因此造成产权边界模糊，管理主体缺位，有人用无人管，投入不足，管护不力，工程日益恶化的现状。
三、合理的水价机制未形成，利用水价杠杆促进节约用水的有效机制尚未建立。
由于种粮食的比较效益不高，广大农民经济承受能力较低，因此推进农业水价十分困难，水管单位实收水费远低于成本水价，水价不能形成促进节约用水的激励机制。再加之末级渠系工程条件较差，缺乏量测设施，直接影响了水利工程的良性运行和水资源的高效利用。
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