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燃油税费改革牵涉多方利益，备受社会各方面关注，酝酿多年始终未能推出。2008年李克强担任此项改革领导协调小组组长后，确定了公平税赋、正税清费的原则，组织制定新的改革方案，统筹价税费联动改革，抓住稍纵即逝的改革机遇，果断决策实施。不仅减轻了消费者不合理负担，促进了节能减排，更重要的是形成了以市场为基础的价格形成机制，并为其他改革创造了经验。
2012年，李克强亲自“督阵”营业税改征增值税试点工作，深入一线调研，开会研究方案，重点解决制约经济发展的税费问题。在上海取得成效，特别是服务业、小微企业税负大幅减轻后，又力推将试点扩大到9个省（市），不仅实现了重大制度创新，而且以结构性减税促进了“稳增长、调结构、惠民生”的战略性目标。
“十二五”规划是中国经济社会发展的宏伟蓝图，不仅包括总体规划纲要，还有近百个专项规划，涉及部门多，政策性强，是个庞大的系统工程。李克强长期主政地方农业、工业大省，到中央工作后，又分管发展改革、财政、城乡建设、环境保护、国土资源、卫生等经济社会领域的工作，使他对中国的国情深谙于心，对中国经济社会发展的潜力、机遇以及面临的挑战了然于胸。他在领导和指导中国“十二五”规划的制定中，多次到各地及各部门考察调研，分片主持召开“十二五”规划纲要草案编制工作座谈会以及服务业、能源等专项规划编制座谈会，广泛听取地方、专家、企业等各方面的意见建议，组织力量对扩大内需长效机制、缩小城乡差距总体思路、城镇化发展路径模式、稳步提高人民生活水平等重大问题进行深入研究。经过两年多的时间，一份备受国人期待、广受世界关注的“十二五”规划终于面世。美国诺贝尔经济学奖得主迈克尔·斯宾塞称：“‘十二五’规划是一项非常复杂但极有条理的计划，如果得到有效的实施，在未来一段时间里，在改变经济增长模式、调控全球经济的过程中，中国将在世界上扮演最最重要的角色。”约瑟夫·斯蒂格里茨说：“中国的‘十二五’规划，代表了中国在经济发展过程当中继续转型的方向。其中的中心任务就是一个新的开放的中国，新的融入世界的中国。在这个过程当中会有新的责任、新的机会出现，包括积极地参与到塑造全球经济格局的过程当中。”美国哈佛大学经济学教授马丁·费尔德斯坦则评价：“中国的新五年规划将对全球经济产生极其重要的影响，它的主要特点是对官方政策进行调整，将原本的着眼于GDP增长的最大化，转变为提升消费以及劳动者的平均生活水平。”
食品安全是涉及众多部门的复杂民生问题，李克强始终牵挂于心。2010年，他出任国务院食品安全委员会主任后强调：食品安全事关每个家庭每个人，必须重典治乱、重拳出击，让不法分子付出高昂代价。此后，国务院采取了一系列重大举措，把食品安全工作纳入地方政府绩效考核，实行一票否决；督促各地各部门加大工作力度，出现苗头就打，及时处理了一连串重大案件，使食品安全日益恶劣的局面出现好转迹象。
2009年初，一场突如其来的新型呼吸系统传染病——甲型流感席卷全球，世界卫生组织将应对级别上升到最高级。在美洲爆发后没多久，这种病就迅速通过种种渠道传入中国，社会民众情绪再次陷入类似2003年SARS爆发时的紧张氛围之中。在这种情况下，李克强果断决定，启动应对甲型流感联防联控工作机制，协调各方面力量，多策并举，多管齐下，专群结合，加大疫苗研发生产进度，既有力有效地控制了疫情传播，又尽可能地不影响群众生活和正常经济活动，取得了抗击甲型流感的重大胜利，也为中国应对突发公共卫生事件创造了成功的典范。
李克强在国务院主持常务工作，经常会遇到棘手难题，但他从不回避，也不张扬，妥善化解矛盾于无形。他分管的众多领域所面临的复杂问题，有很多被公认为“世界性难题”。特别是当下改革渐入深水区，各方利益诉求错综复杂，牵一发而动全局。解开这些“难题”，不仅需要过人的勇气和胆略，同时还需有开阔的视野和系统的知识储备。从地方到中央，李克强一一化解了不少这样的“难题”，被境外媒体称为“破解复杂难题的高手”。
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