如果大部门不能顺利渡过磨合期，不能及时协调矛盾冲突，大部门就有重新分开或曰解体的可能
随着大部制改革的深化，过去的小部委变成了“超级大部门”的内设机构，使得“超级大部门”的内部组织结构及它们之间的关系更加复杂，对内设机构的运行以及政府职能的实现带来了巨大的挑战。
超级大部以后，并非已是万事大吉
大部制改革实际上是通过部门合并，使部门间利益和权能冲突与协调变为部门内部利益和权能冲突与协调，也就是化部际协调为部内协调的一种方法。随着部门间利益和权能冲突的减少和部门内部利益和权能冲突的增多，大部制改革使得部内协调的难度加大。
超级大部的成立在某种程度上是为了把大量的协调工作转到部门内部进行，以减轻部门之间管理和调配人、财、物的利益和权能的负担，使有限的人、财、物发挥更大的功能和作用，从而提高行政效能。但是，实际上，由于超级大部的内设机构的利益和权能调整常常无法到位，内部管理幅度（部委领导机构与各司局之间、各个司局与处室之间直接管理的机构数量）却在增加，这些内设机构之间的协调常常变得负担更重，真正的部门一体化和职能整合往往无法实现。
因为，一项决策落实到超级大部以后，并非已是万事大吉，还需由超级大部的内设机构也就是部委内各司局甚至处室去具体执行。只有把一项决策落实到了各部委的司局及其处室，部内行政才算基本到位（部外行政是将部委决策落实到社会组织和公民个人）。在这种情况下，主要承担协调任务的办公厅等会超负荷运转，主要表现为公文积压、机构臃肿和效率低下等。
与此同时，超级大部作为一种多个机构合并后产生的新的组织形式，部内各内设机构需要一个磨合期，才能较好地建立起彼此之间的协作关系。在这个磨合期里，一个部门内设机构也就是司局之间或者处室之间的矛盾冲突，可能丝毫不亚于原先不同部门之间的矛盾冲突。如果大部门不能顺利渡过磨合期，不能及时协调矛盾冲突，大部门就有重新分开或曰解体的可能。
英国在上世纪七十年代进行了大部制改革，成立了一些“特大部门”，但是由于内部协调的困难，这些“特大部门”实际上有很多都没有形成真正的内聚力。例如，上世纪七十年代中期成立的环境事务部就是由许多部委凑在一起组成的一个庞然大物，但不是一个有机结合的统一体，运行几年后因内部利益和权能冲突无法得到很好的协调和解决，很快又分开回到了上世纪六十年代的样子。
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