曹甸战役由华中总指挥部直接指挥，黄克诚在战略战术上均提出不同意见
组织曹甸战役以彻底解决苏北问题的战略思路，由刘少奇率先提出，但决策过程却异常复杂。
此前的华中已有一股逆流潜滋暗长。国民政府军事委员会正副参谋总长何应钦、白崇禧向朱德、彭德怀、叶挺发出皓电，诬陷八路军、新四军“不守战区范围自由行动”，并强令黄河以南的八路军、新四军限于电到一月内全部撤到黄河以北。继之，蒋介石又密令顾祝同部队从浙赣前线抽调兵力，部署围歼皖南新四军军部及其所属部队，密令汤恩伯、李品仙部30万大军压向华中。韩德勤则企图“恢复黄桥决战前的状态”。
面对波诡云谲的政治形势，尚在皖东的中原局书记刘少奇在黄克诚与陈毅两部会师后的第二天，即致电中央建议：“乘胜继续向兴化前进，占领兴化，彻底消灭韩德勤部，建立抗日民主政权。”继之，刘少奇又致电陈毅、粟裕、张云逸并报中央提出：“如能驱走韩便可组织华中敌后民主政府与总司令部，使我公开正式站在领导地位。”
毛泽东对刘少奇的这一建议非常谨慎，认为暂不宜攻打韩德勤。他在给刘少奇等华中负责同志的电文中指出：“估计到韩与蒋、顾(祝同)之关系，他又是战区总司令及省主席，暂时尚不宜取彻底消灭政策”，“必须保留兴化及韩德勤方有文章可做”。
八路军、新四军在苏北会师并对韩德勤形成的逼压态势，令时任三战区司令长官的顾祝同非常担忧。他遂与在重庆的中共中央南方局书记周恩来交涉，提出和缓救韩。为此，周恩来电告中央，并提出：“我方重心应求得逼韩让步……留韩德勤在，不仅可使顾祝同对我江南新四军让步，对蒋亦有缓冲讲价余地，对李(宗仁)、白(崇禧)亦有教训作用。如彻底驱韩，则蒋一不做、二不休，只有拼到底。”中央随即将周恩来意见转告刘少奇，并重申“不彻底驱韩”方针。数日后，中央又急电刘少奇：“我方已答应蒋介石停止军事进攻，如我占领兴化，蒋恼羞成怒，有扣留恩来、剑英二同志可能，我应距兴化50里一带停止，进行和平谈判。”
刚到苏北的黄克诚从根据地开辟后的实际情况出发，也认为暂时不宜主动攻韩。后来黄克诚专门说到这一点：“从苏北斗争形势看，我们刚刚到达淮海、盐阜地区，顽军残部、伪军、土匪、特务、反动地主武装等到处骚扰暴乱，根据地内很不稳定。当务之急，应是剿灭匪顽，发动群众，巩固根据地，先把脚跟立稳，再相机解决韩军。”
黄克诚还从抗日民族统一战线以及我党我军反磨擦作战的指导原则出发，强调应坚持有理、有利、有节的原则，衅自彼开，不由我启。他称“韩德勤新败，退守老窠，从抗日民族统一战线中同顽固派斗争的原则考虑，我应站在自卫立场，不宜主动进攻；从军事上看，在水网地带攻坚作战，对我十分不利”。
然而，这时的华中战云密布。汤恩伯、李品仙所部13个师正压向淮北、皖东根据地，磨擦恐难避免。为遏制这种局面的发展，中央电示刘少奇、陈毅、黄克诚、彭雪枫、张云逸：“准备于蒋介石真正向我淮北、皖东进攻时，首先解决韩德勤。”但强调最后的决定权在中央。不久，东北军一一二师霍守义部以“武装调停苏北磨擦”为由从山东进抵苏北，桂军一三八师主力亦过淮南铁路。面对各路反共军步步逼进，构筑封锁线，刘少奇觉得情势危急。特别是如果东北军与韩德勤的部队会合，则对开辟不久的苏北根据地形成极大威胁。他于11月10日急电中央：“如不迅速解决韩德勤，巩固苏北阵地，不集中华中主力给反共军主力以痛击，消灭一、二个主力军，则华中形势愈趋危险，急难应付。”继之，又报告了作战部署和进攻理由。刘少奇在电文最后特别强调：“你们有无意见，望三天内答复，否则即开始动作。”
由此可见，刘少奇攻打韩德勤的决心已定。但毛泽东和中央的决策者们并没有认可。次日，毛泽东、朱德、王稼祥联名电复刘少奇、陈毅、黄克诚、彭雪枫，态度同样坚决：“一、目前即动手打韩德勤、霍守义、何柱国，在政治上极端不利，尚须忍耐。第一仗攻击令须由延安下，你们不得命令，不得动手。你们现在应积极准备一切。一面我们仍在重庆谈判。二、对霍守义、何柱国应取争取政策。”中央意图很显然，一方面仍争取谈判解决苏北危机，一方面争取东北军以孤立韩德勤，不打韩德勤以争取政治上的主动。
11月18日，刘少奇与陈毅等分析了苏北形势后，再次向中央报告：“现在各方面均来电要求先打韩，争取战略上的主动，以便将来集中力量对付西面汤、李之进攻。”刘少奇随后提出立即先机解决韩德勤等4个方案请中央定夺。次日，中央即电复刘少奇、陈毅、黄克诚，提出以黄克诚部主力隔断东北军一一二师霍守义部、韩德勤部联系。“为达此目的，你们应立即准备一个局部战斗，以八路军第五纵队主力，突然攻占凤谷村、车桥两点，再行攻占平桥、安丰等地区，以打通皖东、苏北之联系。限电到5日内准备完毕，待命攻击。”
接中央命令后，华中总指挥部立即令八路军五纵队及新四军江北指挥部作攻占射阳、安丰、曹甸、平桥之战斗部署。
11月24日，刘少奇、陈毅率华中总指挥部机关从海安移驻盐城孔庙。孔庙又称文庙，始建于明嘉靖四十年，历经兵燹战乱，几近荒废。华中总指挥部迁驻后，萧条的古庙顿时充满活力，成为华中敌后令人瞩目的军政要地。
此时，中央仍通过在重庆的周恩来向蒋介石交涉停止汤恩伯、李品仙调动和霍守义、莫德宏的进攻，并于26日电示刘少奇、陈毅：“攻击淮安、宝应间地域望继续作充分准备，待命实行。”刘少奇、陈毅当日即于盐城复电中央：“我对韩攻击已全部准备好，决于明日(27日)晚向沙沟、射阳攻击，解决该地之韩部(保留兴化不打)。如何，望即复。”面对如此情况，中央于27日复电“同意你们意见，唯不得攻击兴化”。
兴化是当时韩德勤所率江苏省政府所在地。中央认为，在淮安、宝应间打开一个缺口，打通苏皖即可。不打兴化，苏北动作不碍大局。
此次战役由华中总指挥部直接指挥，参战各单位分别为新四军苏北指挥部一纵队、二纵队、八路军五纵队一支队。陈毅专门作了战前动员，指出：“此项行动胜利完成，即会取得大会战的主动地位，与我之全部获胜有重大意义。同时，此次行动为我八路军、新四军战役、战术配合之第一次行动，宜以此次战斗意义振奋各兵团。”
战役于11月29日拂晓发起，八路军、新四军参战部队轮番进攻，猛打猛冲，开始即重创韩八十九军所部。韩顽守军猝不及防，溃败不支，不得不将兵力收缩在曹甸、平桥、安丰一线，以图顽抗。我参战部队一鼓作气，乘胜进击，断顽军平桥与曹甸及安丰之联系，并完成对该诸据点的包围。
曹甸是宝应县东北的一个集镇，西临宝应湖，周围是水网地带。曹甸工事坚固，内有碉堡、暗堡四处相通，易守难攻，驻有韩德勤保二旅一部、八十九军三十三师两个团及直属工兵营、特务营、炮营等共约5000多兵力。而韩德勤在兴化及其附近之保六旅、独六旅等亦约5000多兵力，随时可以策应曹甸。为此，曹甸已成为消灭韩德勤的最大障碍。
12月4日，华中总指挥部要求各参战部队攻击前进，在曹甸一线会合，以求得在曹甸彻底消灭韩之主力。苏北的战况深深牵动着延安的心。当毛泽东得知战役进展情况后，立刻电示华中总指挥部：“只待曹甸、安丰等地占领，此次战役即可结束，仍留兴化、高邮及它处不打，保存韩德勤与蒋介石讲价钱。”
5日晚，八路军五纵队一支队两个团率先向曹甸发起攻击，但由于曹甸易守难攻的特殊地势，加之顽军拼死抵抗，故苦战一夜未能奏效。曹甸战场遂形成对峙。
闻讯后的陈毅专抵距曹甸百米之遥的小马庄，与几个参谋人员乘坐小渔船，穿芦苇，隐草丛，察看地形。回到指挥室后，陈毅决定仍以突击的办法，用猛烈的火力扫清外围，然后向纵深发展。八路军、新四军参战部队同时攻击。
黄克诚闻知曹甸情况后，根据以往作战经验，致电华中总指挥部并报中央军委，对曹甸战役的具体打法提出建议：“我军无攻坚武器，历史上用速战速决、猛打猛冲战法攻击巩固据点，极少成功。曹甸、车桥等处工事较前坚固，兵力更多，如猛打猛攻，不但胜利把握不大，且有招致重大消耗伤亡可能。我的意见是用持久作战的方法攻击。”黄克诚随后又提出6点具体战法：“(1)首先在4个据点(曹甸、安丰、车桥、泾口)间构筑据点，截断其联系与增援；(2)肃清4据点周围之敌据点及附近村落中敌人，将其完全逼入4个据点内；(3)逐步筑垒掘沟推进；(4)用小部队不断接近，消耗其弹药，增加其疲劳；(5)派小组潜入，放火烧其房屋；(6)探悉哪有弱点可乘时，即以主力猛击而消灭之。我如决强攻，请集中新四军、五纵队全部迫击炮、小炮轰击之。”
黄克诚的建议非常具体，也很有效,但不可取的是时间太长。当时无论是延安还是华中总指挥部都希望能尽快结束此役。尤其是中央专门电示强调：“国民党甚关心苏北冲突，你们应坚持原定方针，不打兴化，保留韩德勤。并望10天内结束曹甸战役。”
黄克诚的意见未被采纳。华中总指挥部下达了13日总攻曹甸的命令。关于曹甸战役详情，军事科学出版社出版的《新四军的组建与发展》一书中是这样记载的：
“12月13日16时，攻击部队开始运动，19时半总攻开始。因地势平坦，河沟阻隔，韩军炮火攻击，至21时许，八路军第五纵队第一团攻入曹甸西北角炮楼，但此时新四军在东北、东南两线的攻势尚未展开，使韩军得以集中兵力在西线组织反击；22时许，新四军第一纵队经过近迫作业，越过濠沟，不久突破东小圩，占领了部分阵地。可是，此刻八路军在西线的进攻都处于间歇期，致使韩军得以在东线进行反击。进攻先头部队未能巩固住前沿阵地，后续部队受韩军炮火压制，无法向前运动。直到14日拂晓，曹甸东、南、西三面均各自为战，未能形成统一的进攻步调。虽突破韩军前沿阵地，但未能突破曹甸韩军的基本阵地。”
曹甸久攻不下，而且伤亡较大。为此，陈毅及时地命令部队撤出战斗。面对这样的局面，刘少奇于12月15日致电毛泽东、朱德、王稼祥称：“我攻曹甸未下。此次战役，我伤亡共约2000人，消耗甚大，平桥虽被我占，但韩部及东北军尚有8000多人在车桥、泾口、安丰、曹甸一带……此次战役大概只能如此结束。苏北问题已成僵局，急切不能彻底解决。”
中央亦默认了这样的结果。毛泽东复电刘少奇说：“华中斗争是长期慢性斗争，我们要有决心和耐心。”
曹甸战役未能达成战役目的，最终以消灭韩顽8000多人，八路军、新四军亦付出较大代价而结束。
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