十八大报告提出我国下一步行政体制改革的重要内容之一是“稳步推进大部门制改革”，并且要“确保决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调”。这要求我们继续十七届二中全会和十一届人大一次会议确定的政府机构改革行动，把大部门制改革推向深入，并在扩大部门和职能横向归并范围的同时，努力探索职能与机构在纵向上的划分和工作机制的建成，将决策与执行适度分开并形成二者相互制约、相互协调的关系。这就是应该积极推进的纵向改革内容。
深化大部门内纵向决策与执行分开改革，应当找准几个着力点，经过整体和顶层设计，按照长远规划，稳步推进。
其一，大力促进机构成型。这包括两个层次。一是按照职能相近和内在统一的原则继续进行部门横向归并，将更多应该纳入大部门体系的专业性职能部门整合成综合性强的大部门，使大部门成为政府部门的主流形态，构建较为完整的大部门组织体系。二是在此基础上对基本成型的大部门进行内部决策机构和执行机构的分设。必须确定一个执行机构的类型，它决定着决策与执行分开机制的成败。从我国现阶段的国情来看，编制内的部门内设式执行机构是可选类型。辅之以外部社会组织、企业性质的合约式执行机构，共同构成一个混合执行机构体系。政府部门内设执行机构又分为两种，一种是除了职能简化为纯粹执行性事务之外，其他一切方面等同于部委内设司局或厅局内设处、科的执行机构。由于这种执行机构无法实现上述纵向改革的目标价值，基本上失去了二者分开的意义，故应当选择另一个种类。这种执行机构是区别于传统部门内设机构的半独立式执行机构。它在行政级别上相当于或略高于部委的司局或厅局的处科，与部委或厅局之间存在管辖被管辖关系，属于其下属单位，但地位高于且重于普通内设机构，享有完全业务自主权和准内部事务管理权，包括人事、财务和外部活动权等。只有这样的半独立式执行机构能够将大部门制内纵向改革的价值充分发挥出来。
其二，积极进行职能整合。一是用政企分开、政社分开、政资分开和政事分开的原则落实职能转变和转移，把属于市场、企业、社会和事业单位等的职能清理出来，交由各自履行或视时机向它们转移，让政府部门真正履行好属于政府的职能。二是进行纵向职能划分，将决策职能和执行职能区分开来，分别配置于决策机构和执行机构。这项工作对习惯于传统行政管理方式的人来说有不可思议的难处，但也正是体现现代政府管理优势的一项内容，应当通过认真学习企业管理和发达国家经验，致力于完成这一任务。三是站在综合性大部门的宏观视野进行决策职能横向整合。整合的方式并非简单的加法式组合，而是在统筹考虑基础上的删繁就简、融化边界与重新生成，达到高度融合后的有机统一。这里是体现大部门制性能的一个关键环节。四是对执行性职能进行专业化划分，使其既能完全满足决策实施的需要，又能最大限度发挥好执行机构的灵活性和效率性特点。
其三，探索形成工作机制。将决策机构与执行机构二者之间的关系定位于既相互制约又相互协调的上下游兼上下级关系。决策机构居于具有上级属性的上游位置，并围绕这个主轴形成大部门内两者的新型工作关系机制。一是确定部委或厅局决策机构的上位核心地位。只有它能够完整代表整个政府部门行使部门整体性权力，具有对上和对外的关系权，对执行机构有监督考核权，对其主要负责人有依照绩效合约进行的提名和否决权，对其预算有审核权等，对整个部门内同种岗位人员有调配权，并且是政策发布的唯一出口。二是保障执行机构的相对独立自主权，包括对决策机构的监督、建议、评价权，单独预算权，业务处理和内部事务管理不受干涉的权力等。三是明确决策与执行机构的职责范围。决策机构对立法机关承担政治责任和总体管理责任。执行机构承担合约规定的事务责任。四是建立决策与执行机构之间、各执行机构之间的沟通协调关系和潜在的事务冲突处理机制等，保障决策机构和执行机构都能够顺畅运作。
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