按照中國共產黨第十五次全國代表大會和十五屆二中全會的要求，這次國務院機構改革的目標是：建立辦事高效、運轉協調、行為規范的政府行政管理體系，完善國家公務員制度，建設高素質的專業化行政管理隊伍，逐步建立適應社會主義市場經濟體制的有中國特色的政府行政管理體制。改革的原則是：按照社會主義市場經濟的要求，轉變政府職能，實現政企分開﹔按照精簡、統一、效能的原則，調整政府組織結構，實行精兵簡政﹔按照權責一致的原則，調整政府部門的職責權限，明確劃分部門之間職責分工，完善行政運行機制﹔按照依法治國、依法行政的要求，加強行政體系的法制建設。

　　這次國務院機構改革的具體方案是：

　　一、擬不再保留的有１５個部、委

　　１·中華人民共和國電力工業部

　　２·中華人民共和國煤炭工業部

　　３·中華人民共和國冶金工業部

　　４·中華人民共和國機械工業部

　　５·中華人民共和國電子工業部

　　６·中華人民共和國化學工業部

　　７·中華人民共和國國內貿易部

　　８·中華人民共和國郵電部

　　９·中華人民共和國勞動部

　　１０·中華人民共和國廣播電影電視部

　　１１·中華人民共和國地質礦產部

　　１２·中華人民共和國林業部

　　１３·中華人民共和國國家體育運動委員會

　　１４·中華人民共和國國防科學技術工業委員會

　　（組建新的國防科學技術工業委員會，將原國防科工委管理國防工業的職能、國家計委國防司的職能以及各軍工總公司承擔的政府職能，統歸新組建的國防科學技術工業委員會管理）

　　１５·中華人民共和國國家經濟體制改革委員會

　　（為了加強國務院對經濟體制改革工作的領導，國家經濟體制改革委員會改為國務院高層次的議事機構，總理兼主任，有關部長任成員，不再列入國務院組成部門序列）

　　二、擬新組建的有４個部、委

　　１·中華人民共和國國防科學技術工業委員會

　　２·中華人民共和國信息產業部

　　３·中華人民共和國勞動和社會保障部

　　４·中華人民共和國國土資源部

　　三、擬更名的有３個部、委

　　１·中華人民共和國國家計劃委員會更名為中華人民共和國國家發展計劃委員會

　　２·中華人民共和國科學技術委員會更名為中華人民共和國科學技術部

　　３·中華人民共和國國家教育委員會更名為中華人民共和國教育部

　　四、擬保留的有２２個部、委、行、署

　　１·中華人民共和國外交部

　　２·中華人民共和國國防部

　　３·中華人民共和國國家經濟貿易委員會

　　４·中華人民共和國國家民族事務委員會

　　５·中華人民共和國公安部

　　６·中華人民共和國國家安全部

　　７·中華人民共和國監察部

　　８·中華人民共和國民政部

　　９·中華人民共和國司法部

　　１０·中華人民共和國財政部

　　１１·中華人民共和國人事部

　　１２·中華人民共和國建設部

　　１３·中華人民共和國鐵道部

　　１４·中華人民共和國交通部

　　１５·中華人民共和國水利部

　　１６·中華人民共和國農業部

　　１７·中華人民共和國對外貿易經濟合作部

　　１８·中華人民共和國文化部

　　１９·中華人民共和國衛生部

　　２０·中華人民共和國國家計劃生育委員會

　　２１·中國人民銀行

　　２２·中華人民共和國審計署

　　五、改革后除國務院辦公廳外，列入國務院組成部門序列的共有２９個部、委、行、署

　　１·中華人民共和國外交部

　　２·中華人民共和國國防部

　　３·中華人民共和國國家發展計劃委員會

　　４·中華人民共和國國家經濟貿易委員會

　　５·中華人民共和國教育部

　　６·中華人民共和國科學技術部

　　７·中華人民共和國國防科學技術工業委員會

　　８·中華人民共和國國家民族事務委員會

　　９·中華人民共和國公安部

　　１０·中華人民共和國國家安全部

　　１１·中華人民共和國監察部

　　１２·中華人民共和國民政部

　　１３·中華人民共和國司法部

　　１４·中華人民共和國財政部

　　１５·中華人民共和國人事部

　　１６·中華人民共和國勞動和社會保障部

　　１７·中華人民共和國國土資源部

　　１８·中華人民共和國建設部

　　１９·中華人民共和國鐵道部

　　２０·中華人民共和國交通部

　　２１·中華人民共和國信息產業部

　　２２·中華人民共和國水利部

　　２３·中華人民共和國農業部

　　２４·中華人民共和國對外貿易經濟合作部

　　２５·中華人民共和國文化部

　　２６·中華人民共和國衛生部

　　２７·中華人民共和國國家計劃生育委員會

　　２８·中國人民銀行

　　２９·中華人民共和國審計署